Ook onder de werkkostenregeling is het mogelijk werknemers een vaste kostenvergoeding te geven. Dit kan echter alleen als aan een aantal voorwaarden is voldaan. Een van de voorwaarden is dat de werkgever vooraf een onderzoek naar de werkelijk gemaakte kosten heeft gehouden. In de praktijk betekent dit dat de werknemers drie maanden hun bonnetjes bijhouden. Dit was anders onder de oude regelgeving. Toen was een kostenonderzoek alleen nodig als de Belastingdienst daarom vroeg.